Os primeiros habitantes foram os índios Guarani. Os brancos, espanhóis – pelo Tratado de Tordesilhas, o Pantanal pertencia a Espanha –  chegaram por volta de 1524 subindo o Rio Paraguai. Não houve muito interesse na ocupação devido a descobertas de minas de ouro e prata no Peru e no México. Na segunda metade do século XVI, nas famosas “entradas”, os bandeirantes paulistas alcançaram essas áreas com o objetivo de escravizar índios e encontrar metais preciosos. No início do século XVIII chegaram a Chapada Cuiabana subindo os rios Tietê, Paraná e afluentes do Paraguai. Encontraram grande quantidade de ouro em Cuiabá dando início a conflitos entre a comunidade local e bandeirantes. Os nativos foram resistindo à invasão de seus territórios, algumas sociedades se extinguiram e outras seguiram para áreas de menor interesse econômico.

Em 1750, surgiram algumas vilas como: Corumbá, São Pedro del Rei (Poconé), Vila Maria do Paraguai (Cáceres) e Miranda o Tratado de Madri, servindo como base para disputas  com espanhóis que tinham a intenção de retomarem as terras antes pertencentes a eles através do Tratado de Madri. O Fote Coimbra foi uma fortaleza militar construída em 1775, nas proximidades de Corumbá. Visando o abastecimento dessas vilas foram instalados engenhos de cana, lavoura e pecuária, aumentando a ocupação do território.

As grandes fazendas foram surgindo dando lugar a pecuária extensiva. De 1864 a 1870, Mato Grosso foi palco da Guerra do Paraguai, de um lado a Tríplice Aliança formada por Uruguai, Argentina e Brasil, mais o apoio britânico, e do outro, o Paraguai. As cidades e fazendas pantaneiras foram quase totalmente dizimadas. Após a derrota do Paraguai, o Brasil ampliou seu território na região, incorporando cerca de 47000km² de pertencentes ao Paraguai.

Houve conflitos fundiários devido ao parcelamento das antigas sesmarias incorporando a região grandes projetos de desenvolvimento. Os moradores antigos foram expulsos, seguindo para as áreas ribeirinhas. Reduzindo alternativas de subsistência, fazendo da pesca uma opção a sobrevivência.