O Pantanal possui uma área de área 142.000Km².

Está dividida entre Pantanal Norte (Mato Grosso) e Pantanal Sul (Mato Grosso do Sul). As regiões do Pantanal Sul são: Nabileque, Miranda, Aquidauana, Abobral, Nhecolândia, Paiaguás e Paraguai. No Pantanal Norte estão: Barão de Melgaço, Poconé e Cáceres.

A temperatura média anual fica em torno dos 24,5°C. No verão a média é de 32°C e no inverno em torno dos 21°C.

Nos meses de maio a setembro, período de seca, as gramíneas crescem tornando-se o principal alimento para a fauna e a flora. De outubro a março as partes mais baixas, sujeitas à inundações, recebem o nome de "Baías ou Largos", onde são encontradas as Lagoas Xaraiés, a região torna-se alagada pelas águas dos rios e lagoas – diz a  lenda que seria um imenso mar interior - o mar de Xaraiés – período em que os animais se refugiam em regiões mais altas, estas chamadas de "Cordilheiras", elevações que chegam a dois metros, arenosas, estreitas e alongadas, cobertas de vegetação de cerrado.

A precipitação pluviométrica anual está entre 1.000 e 1.400 mm.

A Planície do Pantanal possui altitudes entre 100 a 200 metros. Trata-se de um prolongamento, para o norte, da Planície do Chaco (Paraguai).

A Bacia do Rio Paraguai  tem 1.400 Km de extensão no território brasileiro, possui cerca de 175 rios e atinge todo o Pantanal. Quatro fatores influenciam na formação dos pântanos de água corrente: a geografia, o solo, o elevado número de rios e as formações que o circundam.