A segunda expedição exploratória às costas brasileiras foi financiada pelo fidalgo português Fernão ou Fernan de Loronha, arrendatário de pau-brasil. Américo Vespúcio, participando dessa expedição, chegou ao arquipélago no dia 10 de agosto de 1503 e se encantou pela beleza do local. Escreveu um documento sobre a ilha, e falou das "infinitas águas e infinitas árvores; aves muito mansas, que vinham comer às mãos; um boníssimo porto que foi bom para toda a tripulação". O arquipélago foi uma das primeiras terras localizadas no Novo Mundo e a primeira Capitania Hereditária.

Somente em 1629 Fernando de Noronha foi ocupada pelos holandeses, tornando-se os primeiros moradores da ilha. Logo após a ocupação deu-se início a descaracterização da vegetação original com o plantio de uma horta chamada "Jardim Elizabeth", além da criação de cabras, galinhas e porcos e a construção de um reduto onde hoje está localizada a Fortaleza dos Remédios. A expulsão dos holandeses se deu em 1654.

A ilha ficou abandonada até aparecerem os piratas franceses da Cia das Índias Ocidentais. A invasão aconteceu em 1736, permanecendo assim por 1 ano. A ilha passou a ser chamada de “Isle Delphine” em referência aos golfinhos da ilha.

Em 1737 os franceses foram expulsos e Portugal iniciou a colonização, por temer uma nova invasão a colônia. Foram construídas 10 fortificações em 17 Km², maior sistema de defesa do século. A Vila de Nossa Senhora dos Remédios e a Vila da Quixaba foram erguidas continuando, assim, a degradação do meio ambiente. Espécies vegetais e animais são introduzidas, casas, igrejas e outras edificações são construídas, os presos são utilizados como mão-de-obra e dá-se início ao revestimento de pedras de todos os caminhos da ilha por onde passariam as autoridades.

De 1942 até 1988, Fernando de Noronha tornou-se Território Federal. Muito foi modificado nesse período, o espaço urbano foi preparado hierarquicamente para abrigarem os militares. Fernando de Noronha retornou a Pernambuco em 1988, pela nova Constituição, tornando-se Distrito Estadual.

Parte de Fernando de Noronha tornou-se Parque Nacional Marinho. O administrador geral foi nomeado pelo Governador de Pernambuco. O governo Federal e o Estadual convivem em harmonia e cuidam com normas rígidas, necessárias para a preservação do Arquipélago.